project - EIP-AGRI Operational Group

Measures against soil-borne diseases in garlic growing in order to safeguard the cultivation in Austria
Maßnahmen gegen bodenbürtige Krankheiten im Knoblauchan-bau zur Absicherung des Anbaues in Österreich

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Completed | 2019 - 2023 Austria
Completed | 2019 - 2023 Austria
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Objectives

In Austria, there are major challenges in the management of fungal diseases, especially fusarioses, in garlic: On the one hand, a precise identification of the pathogen is often difficult, on the other hand, neither adequate preventive measures nor more suitable or proven solutions (e.g. plant protection products) are available. The aim of the project is to develop methods for the identification, prevention and control of Fusarium infections. This should reduce yield losses and ensure the high product quality of garlic from organic and integrated cultivation. 

Objectives

In Österreich bestehen große Herausforderungen im Umgang mit Pilzerkrankungen, insbesondere Fusariosen, bei Knoblauch: Zum einen ist die genaue Identifizierung des Erregers oft schwierig, zum anderen stehen weder adäquate vorbeugende Maßnahmen noch geeignete und zugelassenen Lösungen (z.B. Pflanzenschutzmittel) zur Verfügung. Das Projekt zielt darauf ab, konkrete Methoden zur Identifikation sowie Vorbeugung und Bekämpfung von Fusariosen zu entwickeln. Dadurch sollen Ertragseinbußen vermindert und die hohe Produktqualität von Knoblauch aus biologischer und integrierter Produktion sichergestellt werden.

Activities

  1. Development of test systems for the examination of garlic and soil for colonialization by Fusarium species
  2. Application of these test systems for the examination of the Fusariumi infections of various garlic varieties and soil samples of various locations
  3. Identification of potential causes, sources of infection and options of spreading in the whole production
  4. Examination of the development of the disease on the field, including the identification of critical infection times
  5. Examination of harvesting, drying and storage methods for their influence on the infection rate
  6. Development of recommendations for actions in order to prevent an infestation

Activities

  1. Entwicklung von Testsystemen für die Untersuchung von Knoblauch und Boden auf Besiedelung durch Fusarium-Arten
  2. Anwendung dieser Testsysteme zur Untersuchung des Fusariumbefalls verschiedener Knoblauchsorten und Bodenproben verschiedener Standorte
  3. Erfassung potenzieller Ursachen, Infektionsquellen und Verschleppungsmöglichkeiten in der gesamten Produktionskette
  4. Untersuchung des Krankheitsverlaufes im Feld, inklusive der Identifizierung kritischer Infektionszeitpunkte
  5. Untersuchung von Ernte-, Trocknungs- und Lagerungsmethoden auf ihren Einfluss auf die Infektionsrate
  6. Entwicklung von Handlungsempfehlungen zur Verhinderung des Befalls

Kontext

Pathogenic fungi are a major challenge for Austrian garlic cultivation. In recent years, the problem has intensified due to changing weather conditions. Fusarioses cause significant yield losses at all stages of production (in the field, during processing and in storage). Particularly problematic are hidden fungal infections that cause visible damage only during storage or at retail, which is why farms are under great pressure from food retailers demanding smooth delivery to markets. Austrian demand for garlic is largely met by imported goods, although demand for high-quality regional produce is high. The market share of Austrian garlic has multiplied to 25% in the last ten years, although this development has been slowed down mainly by fungal attack.  Currently, there is a particular lack of knowledge about the predominant Fusarium species. Even when the pathogens are clearly identified, it is difficult to control infestations, as neither reliable preventive measures nor suitable and approved plant protection products (both organic and chemical) are available.

Project details
Main funding source
Rural development 2014-2020 for Operational Groups
Rural Development Programme
2014AT06RDNP001 Austria - Rural Development Programme (National)
Ort
Main geographical location
Sankt Pölten
Other geographical location
Wiener Umland/Nordteil, Nordburgenland

€ 353665

Total budget

Total contributions from EAFRD, national co-financing, additional national financing and other financing.

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6 Practice Abstracts

Symptoms in the crop and influence of crop management: It was unclear from the literature whether the first symptoms already appear in the field. Therefore, garlic was analysed and evaluated over three growing seasons between field emergence and harvest. In addition, samples were analysed in the laboratory. As crop management can have an effect on infestation in the crop and in storage, the procedures on the individual farms were surveyed using questionnaires. The results show that Fusarium infestation cannot be recognised by simple visual field inspection. Fusarium infestation can only be confirmed in the laboratory. Questionnaires revealed that crop management on the farms is very individualised. However, all farms reported increasing losses in storage in previous years. Our data show that the fungus only spreads very weakly in the plants during the vegetation phase and does not produce any clear symptoms. Crop management does not appear to have any significant influence on this either. Sampling of the harvesting machines revealed that Fusarium spp. could be transmitted via the knives - the significance for infestation in storage is not known. Early detection of infestation in garlic plants in the field is currently not possible for farmers. Therefore, no recommendations for infestation-reducing measures in the field can be made.

Symptomatik im Bestand und Einfluss der Kulturführung: Aus der Literatur war unklar, ob die ersten Symptome bereits im Feld auftreten. Daher wurden der Bestand über drei Vegetationsperioden zwischen dem Feldaufgang und der Ernte untersucht und bewertet. Zusätzlich wurden Proben im Labor untersucht. Da die Kulturführung einen Einfluss auf den Befall im Bestand und Lager habe kann, wurden die Verfahrensabläufe an den einzelnen Betrieben mittels Fragebogen erhoben. Die Ergebnisse zeigen, dass der Befall mit Fusarium nicht anhand einfacher visueller Feldbonituren erkennbar ist. Ein Befall mit Fusarium kann erst im Labor bestätigt werden. Aus Fragebögen ergab sich, dass die Kulturführung an den Betrieben sehr individuell erfolgt. Jedoch berichteten alle Betriebe von steigenden Ausfällen im Lager in den vorangegangenen Jahren. Unsere Daten zeigen, dass sich der Pilz in die Vegetationsphase nur sehr schwach in den Pflanzen ausbreitet und keine deutlichen Symptome bildet. Die Kulturführung scheint darauf ebenso keinen bedeutenden Einfluss zu haben. Die Beprobung der Erntemaschinen ergab, dass Fusarium spp. über die Messer übertragen werden könnte - die Bedeutung für den Befall im Lager ist nicht bekannt. Eine Früherkennung des Befalls im Bestand ist für LandwirtInnen derzeit nicht möglich. Daher können auch keine Empfehlungen für befallsreduzierende Maßnahmen im Feld getroffen werden.

Influence of drying, harvesting and storage on infestation: The infestation of garlic at the time of harvest, after drying and at the end of storage was analysed. Three harvesting methods (manual harvesting, mechanical harvesting, manual harvesting with subsequent targeted injury) and two types of storage (cold storage -2 °C; indoor storage with room temperature in relation to the outside temperature) were compared. At harvest, the garlic bulbs showed no visual infestation; Fusarium was only isolated from a small proportion. After drying, typical dry rot symptoms were visible on peeled cloves, with varying degrees of infestation on the cloves of one bulb. The infestation spread further in indoor and cold storage (depending on the year and production location). The spread of infestation was reduced by cold storage. Samples harvested by hand differed only slightly from those harvested mechanically, with more pronounced symptoms appearing after mechanical damage. Five drying temperatures were tested on a laboratory scale. Infestation was reduced at 30 °C and 36 °C. Infestation was also reduced at 40 °C, but some cloves appeared glassy and caramelised with an atypical odour. Harvesting the garlic with as little damage as possible, drying it as quickly as possible and storing it in a cool place can help to reduce infestation. The optimum drying temperature must be confirmed in a practical trial.

Trocknung, Ernte und Lagerung: Der Befall von Knoblauch zum Zeitpunkt der Ernte, nach der Trocknung und am Ende der Lagerung wurde erhoben. Dabei wurden drei Erntemethoden (händische Ernte, mechanische Ernte, händisch Ernte mit nachfolgender gezielter Verletzung) und zwei Lagerarten (Kühllager -2 °C; Hallenlager mit Raumtemperatur in Abhängigkeit zur Außentemperatur) verglichen. Zur Ernte zeigten die Knoblauchzwiebeln keinen visuellen Befall; nur aus einem geringen Anteil wurde Fusarium isoliert. Nach der Trocknung waren typische Trockenfäule-Symptome an geschälten Zehen, mit unterschiedlich starker Befallsausprägung auf den Zehen einer Zwiebel ersichtlich. Der Befall breitete sich im Hallen- und im Kühllager weiter aus (abhängig vom Jahr und vom Produktionsstandort). Die Befallsausbreitung wurde durch Kühllagerung reduziert. Händisch geerntete Proben unterschieden sich nur gering von maschinell geernteten, nach mechanischer Beschädigung zeigten sich deutlichere Symptome. Im Labormaßstab wurden 5 Trocknungstemperaturen getestet. Bei 30 °C und 36 °C erfolgte eine Reduktion des Befalls. Bei 40 °C wurde der Befall ebenso reduziert, es zeigten sich jedoch teilweise glasige, karamellisiert erscheinende Zehen mit untypischen Geruch. Eine möglichst beschädigungsfreie Ernte, eine möglichst rasche Trocknung und Kühllagerung des Knoblauchs kann zur Befallsreduktion beitragen. Die optimale Trocknungstemperatur muss in einem Praxisversuch bestätigt werden.

Planting material quality and planting material treatment: The project proves that the planting material is the decisive source of infection for Austrian garlic production. The influence of planting stock infestation on infestation was investigated in field trials. For this purpose, planting material that had been mechanically divided into individual cloves was carefully peeled and sorted according to infestation classes. It was found that this process causes significant damage, which can provide entry points for harmful fungi such as Penicillium sp. Early and severe infections in the field impair field emergence and plant development: field emergence is reduced as the level of infection increases. However, the emerging plants of the different infestation levels did not differ in infestation at harvest and after drying. For the preparation of planting material, it is recommended to separate the bulbs as gently as possible into single cloves without causing damage. In a field trial, six products were also tested as dressings for the mechanically separated planting material: Xilon® (Trichoderma asperellum), Trianum-P (Trichoderma harzianum), Integral® Pro (Bacillus amyloliquefaciens), Cerall® (Pseudomonas chlororaphis), Tillecur®(plant strengthening agent), Switch®. After drying, no significant effect of the tested products on Fusarium infestation could be determined, neither on infestation frequency nor on infestation intensity. Treatment of the planting material with the tested substances to reduce infestation can therefore not be recommended.

Pflanzgutqualität und -behandlung: Das Projekt belegt, dass das Pflanzgut die entscheidende Infektionsquelle für die heimische Knoblauchproduktion darstellt. Der Einfluss des Pflanzgutbefalls auf den Befall wurde im Feldversuch untersucht. Dafür wurde maschinell in einzelne Zehen zerteiltes Pflanzgut sorgfältig geschält und nach Befallsklassen sortiert. Es zeigte sich, dass der Zerteilprozess bedeutende Beschädigungen verursacht, die Eintrittspforten für Schadpilze, wie Penicillium sp., darstellen können. Frühe und starke Infektionen im Feld beeinträchtigen den Feldaufgang und die Pflanzenentwicklung: Der Feldaufgang mit ansteigender Befallsstärke reduziert wird. Die auflaufenden Pflanzen der unterschiedlichen Befallsstufen unterschieden sich zur Ernte und nach der Trocknung jedoch nicht im Befall. Für die Pflanzgutvorbereitung wird ein möglichst schonendes beschädigungsfreies Zerteilen empfohlen. In einem Feldversuch wurden zudem sechs Produkte als Beize für das mechanisch zerteilte Pflanzgut getestet: Xilon® (Trichoderma asperellum), Trianum-P (Trichoderma harzianum), Integral® Pro (Bacillus amyloliquefaciens), Cerall® (Pseudomonas chlororaphis), Tillecur®(Pflanzenstärkungsmittel), Switch®. Nach der Trocknung konnte keine signifikante Wirkung der getesteten Produkte auf den Fusarium-Befall festgestellt werden, weder auf Befallshäufigkeit noch auf Befallsstärke. Eine Beizung des Pflanzgutes mit den getesteten Substanzen zur Befallsreduktion kann daher nicht empfohlen werden.

Fusarium in soil and planting material: Plant-pathogenic Fusarium species can persist in the soil or be transmitted via the planting material. The analysis of the soil samples from 6 locations did not reveal any increased presence of Fusarium proliferatum and Fusarium oxysporum in the analysed soils. As is common practice and also mentioned in the literature, a crop rotation of at least four years is recommended to prevent the accumulation of fungi in the soil. Healthy planting material is a prerequisite for a good yield and healthy storage material. Garlic is propagated vegetatively via the cloves, which means disease transmission via the planting material is possible. In the first year, the planting material of six varieties (Garcua, Gardacho, Gardos, Messidor, Sabagold, Therador) and in the second year of three varieties (Garcua, Garpek and Sabagold) was therefore analysed for infestation with Fusarium. The results show a variety- and year-dependent infestation of the planting material with Fusarium. All samples analysed showed symptoms of dry rot. The Gardos variety had the lowest infestation, the Sabagold variety the highest. However, infestation of the garlic cloves is not recognisable from the outer skin of the garlic bulb. There are currently no sufficiently effective methods available for treating planting material. In addition, there is no valid classification of garlic varieties with regard to their resistance behaviour to fusariosis.

Fusarien im Boden und im Pflanzgut: Pflanzenpathogene Fusarien können im Boden überdauern oder auch über das Pflanzgut übertragen werden. Die Auswertung der Bodenproben von 6 Standorten ergab keine erhöhte Anwesenheit von Fusarium proliferatum und Fusarium oxysporum in den untersuchten Böden. Wie in der Praxis üblich und auch in der Literatur genannt, wird eine mindestens vierjährige Fruchtfolge gegen die Anreichung von Pilzen im Boden empfohlen. Gesundes Pflanzgut ist eine Voraussetzung für einen guten Ertrag und ein gesundes Lagergut. Knoblauch wird vegetativ über die Zehen vermehrt, wodurch die Wahrscheinlichkeit der Übertragung von Krankheiten über das Pflanzgut besteht. Im ersten Jahr wurde daher das Pflanzgut von sechs Sorten (Garcua, Gardacho, Gardos, Messidor, Sabagold, Therador), im zweiten Jahr von drei Sorten (Garcua, Garpek und Sabagold) auf Befall mit Fusarien untersucht. Die Ergebnisse zeigen einen sorten- und jahresabhängigen Befall des Pflanzgutes mit Fusarium. Alle untersuchten Zwiebeln zeigten Trockenfäule-Symptome. Die Sorte Gardos hatte den geringsten Befall, die Sorte Sabagold den stärksten. Ein Befall der Knoblauchzehen ist anhand der äußeren Schale der Knoblauchzwiebel jedoch nicht erkennbar. Für die Pflanzgutbehandlung stehen derzeit keine ausreichend wirksamen Methoden zur Verfügung. Zudem gibt es keine valide Zuordnung der Knoblauchsorten hinsichtlich ihres Resistenzverhaltens gegenüber Fusariosen.

Fusarium species and contamination with mycotoxins: The genus Fusarium comprises over 300 representatives with varying host specificity. Nine species have been documented in the literature on garlic, with Fusarium proliferatum as the main pathogen followed by Fusarium oxysporum. Fusarium proliferatum is also known to produce mycotoxins. Planting material and stored goods were therefore analysed for Fusarium species, stored goods additionally for those with mycotoxins. The data confirm that Fusarium proliferatum is also the main pathogen on garlic in Austria. Fusarium oxysporum was also detected, but to a significantly lesser extent. Other Fusarium species were only identified in individual cases, mostly together with Fusarium proliferatum. They are categorised as secondary pathogens. Mycotoxins were only detected to a small extent in consumer garlic. The quantities detected are classified as safe for human consumption. However, in order to minimise damage caused by Fusarium and potential mycotoxin contamination, the use of healthy seedlings, a crop rotation of at least four years, harvesting as carefully as possible and cold storage of the stored goods are recommended.

Fusarium Arten und Kontamination mit Mykotoxinen:  Die Gattung Fusarium umfasst über 300 Vertreter mit unterschiedlicher Wirtsspezifität. In der Literatur wurden neun Arten an Knoblauch nachgewiesen, mit Fusarium proliferatum als Hauptpathogen gefolgt von Fusarium oxysporum. Fusarium proliferatum ist zudem für die Produktion von Mykotoxinen bekannt. Pflanzgut und Lagerware wurden daher auf die Fusarium-Arten, Lagergut zusätzlich auf die mit Mykotoxinen untersucht. Die Daten bestätigen, dass auch in Österreich Fusarium proliferatum das Hauptpathogen an Knoblauch darstellt. Fusarium oxysporum wurde ebenso nachgewiesen, jedoch in bedeutend geringerem Maße. Andere Fusarium-Arten wurden nur in einzelnen Fällen identifiziert, meist gemeinsam mit Fusarium proliferatum.  Sie werden als sekundäre Pathogene eingestuft. An Konsumknoblauch wurden Mykotoxine nur in geringem Ausmaß nachgewiesen. Die nachgewiesenen Mengen werden als für den menschlichen Konsum unbedenklich eingestuft. Um Schäden durch Fusarien und eine potentielle Mykotoxinbelastung gering zu halten, wird die Verwendung von gesundem Pflanzgut, eine mindestens vierjährige Fruchtfolge, eine möglichst schonende Ernte und die Kühllagerung der Lagerware empfohlen.

Scientific literature research: The scientific literature formed the basis for the implementation of the project. The available literature was continuously updated over the course of the project. The increase in publications on Fusarium on garlic (+56% in the period 2019-2023; Scopus database, category "Agricultural sciences and biology") shows the increasing importance of the problem. At the start of the project, many reports were available on the first identifications of Fusarium proliferatum in particular as the causative agent of garlic rot. There were also reports of Fusarium oxysporum, a pathogen that causes significant damage to onions in particular. Soil and planting material were named as the source of the infestation. In more recent reports, F. proliferatum is described as a dry rot and F. oxysporum as a basal rot on garlic. Dry rot manifests itself in dry-appearing, beige to brown, spreading, sunken spots that can appear anywhere on the surface of the garlic cloves. The symptoms have mainly been documented on stored goods. Basal rot is a soft rot that extends upwards from the root side of the clove. In cases of severe infestation, the plants die in the field. Based on the literature data, a multiplex PCR was established with which both Fusarium species can be identified in one analysis. Further Fusarium species were identified by sequencing.

Wissenschaftliche Literaturrecherche: Die wissenschaftliche Literatur bildete die Grundlage für die Durchführung des Projektes. Die Fachliteratur wurde über der Projektlaufzeit fortlaufend aktualisiert. Der Anstieg der Publikationen zu Fusarium an Knoblauch (+56% im Zeitraum 2019-2023; Datenbank Scopus, Kategorie „Agrarwissenschaften und Biologie“) zeigt die zunehmende Bedeutung der Problematik. Zu Projektbeginn waren viele Berichte über die ersten Identifizierungen von vor allem Fusarium proliferatum als Erreger der Knoblauchfäule verfügbar. Daneben wurde auch über Fusarium oxysporum berichtet, ein Schaderreger, der v.a. an Zwiebel bedeutende Schäden verursacht. Boden und Pflanzgut wurden als Quelle des Befalls genannt. In den neueren Berichten wird F. proliferatum als Trockenfäule und F. oxysporum als Basalfäule an Knoblauch beschrieben. Die Trockenfäule äußert sich in trocken erscheinenden, beige bis braunen sich ausbreitenden einfallende Flecken, die überall an der Oberfläche der Knoblauchzehen auftreten können. Die Symptomatik wurde vorwiegend an Lagerware dokumentiert. Die Basalfäule gilt als weiche Fäule, die sich von der Wurzelseite der Zehe nach oben zieht. Bei einem starken Befall sterben die Pflanzen bereits im Feld ab. Aufbauend auf den Literaturdaten wurde eine multiplex PCR etabliert, mit der beide Fusarium Arten in einer Analyse identifiziert werden können. Weitere Fusarium-Arten wurden durch Sequenzieren identifiziert.

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Contacts

Project coordinator

  • DI Josef Keferböck

    Project coordinator

Project partners