Während die Europäische Kommission die Gesamtverantwortung für die finanzielle Verwaltung der GAP trägt, leistet sie normalerweise selbst keine Zahlungen an die Begünstigten. Der Großteil des GAP-Budgets wird im Rahmen der sogenannten „geteilten Mittelverwaltung“ zwischen der Europäischen Kommission und den EU-Mitgliedstaaten ausgeführt, der Rest fällt unter die „direkte Mittelverwaltung“.

Im Rahmen der geteilten Mittelverwaltung sind die EU-Mitgliedstaaten dafür verantwortlich, für die Zahlungen aus den GAP-Strategieplänen ein Verwaltungs- und Kontrollsystem einzurichten, das mit den EU-Verordnungen im Einklang steht. Sie müssen sicherstellen, dass das System wirksam funktioniert und in der Lage ist, Unregelmäßigkeiten zu verhindern, aufzudecken und zu korrigieren.

Weniger als 1 % des GAP-Budgets wird direkt von der Kommission verwaltet (einschließlich der Zuweisungen an EU-Delegationen und EU-Exekutivagenturen). Diese Mittel sind vorgesehen für: administrative und technische Unterstützungsmaßnahmen, die für die Umsetzung der GAP erforderlich sind, einschließlich Erhebungen und Überwachungs-, Audit- und Kontrollmaßnahmen sowie die Wartung der IT-Systeme für die landwirtschaftliche Buchführung; Werbemaßnahmen für EU-Agrarerzeugnisse durch internationale Organisationen, Exekutivagenturen und die Kommission selbst.

Außerdem gewährt die Kommission Zuschüsse für Informationsmaßnahmen im Zusammenhang mit der GAP und vergibt Aufträge für Dienstleistungen Dritter, z. B. für Evaluierungen und Studien, technische Hilfe und Ausbildung, Beratung, Konferenzen und Öffentlichkeitsarbeit.

Der Katalog der GAP-Interventionen in den Mitgliedstaaten bietet einen zentralen Zugang zu allen Interventionen und ihrer Konzeption, sowohl in Englisch als auch in der Originalsprache. Die Datenbank enthält auch Daten zu Budgets, geplanten Outputs und Ergebnisindikatoren für jede Intervention.

Die Maßnahmen werden evaluiert, um ihre Leistungsfähigkeit zu ermitteln und ihre zukünftige Ausrichtung zu bestimmen. Der Leistungs-, Überwachungs- und Evaluierungsrahmen (Performance Monitoring and Evaluation Framework, PMEF) dient dabei als wichtigste Grundlage für die Bewertung der Umsetzung der GAP in den EU-Mitgliedstaaten.

Der PMEF unterstützt die Ergebnisorientierung des neuen Umsetzungsmodells der GAP zur Evaluierung der Leistungsbilanz der EU-Mitgliedstaaten, indem er gemeinsame Regeln, Berichtsanforderungen und andere Elemente festlegt. Diese sind notwendig, um zu beurteilen, ob die GAP auf dem richtigen Weg ist, ihre Ziele zu erreichen, und beinhalten Folgendes:

Die Evaluierungen werden von den Mitgliedstaaten und der EU durchgeführt, um die Auswirkungen, die Wirksamkeit, Effizienz, Zweckdienlichkeit, Kohärenz und den EU-Zusatznutzen der GAP zu beurteilen. Der Europäische Evaluierungs-Helpdesk für die GAP unterstützt den gemeinsamen Lernprozess im Bereich Monitoring und Evaluierung, um den Austausch bewährter Verfahren zwischen den EU-Mitgliedstaaten zu fördern.