La description des communautés microbiennes présentes tant dans les laits que dans les fromages a fait prendre conscience aux opérateurs et aux techniciens de l'importance de la diversité génétique présente, représentant une véritable source de biodiversité. Ainsi un lait cru peut contenir plus de 120 espèces bactériennes et plus de 50 espèces de levures / moisissures et ceci indépendamment de sa charge microbienne totale. Dans les fromages, en fin d'affinage, cette diversité est largement réduite, que ce soit dans la pâte ou sur la croûte, illustrant les phénomènes de compétition intervenant en cours de fabrication. La réduction observée varie en fonction de la technologie et pour une même technologie, elle peut varier aussi en fonction de la saison (été / hiver) ou du type d'atelier (laitier / fermier).  La finalisation du dépouillement va permettre d'identifier les facteurs technologiques responsables de cette variabilité de situations et ainsi émettre des hypothèses sur les pratiques favorables au maintien de la biodiversité microbienne tout au long du processus de fabrication. Nous nous interrogerons aux rôles des apports exogènes en cours de fabrication et plus spécifiquement aux apports de ferments. Le partage des premiers résultats avec les opérateurs et les filières a été très riche et a convaincu de l'intérêt de développer de nouveaux travaux utilisant la métagénomique, pour explorer d'autres technologies ou confirmer les premières hypothèses. Le projet a ainsi permis l'émergence d'une dynamique locale importante, dès à présent poursuivi dans le cadre d'un projet national de recherche en partenariat.