project - EIP-AGRI Operational Group
Development of an economic MD microarray for filiation, disease diagnosis, detection of economically important traits, genomic selection in PRE and di
Desarrollo de chip MD económico para filiación, diagnóstico enfermedades, detección caracteres importancia económica, selección genómica en PRE y herramientas digitales
Objectives
Development of an innovative economic medium density (MD) SNP-array tailored for the PRE breed that allows simultaneously the parentage control, the diagnosis of inherited genetic disorders and chromosomal abnormalities, the detection of genomic variants associated to traits of economical importance and the development of genomic selection. The genetic information of each animal will be integrated in an easy-to-use digital tool serving as an auxiliary tool to help breeders to decide, in a scientific basis, the best possible mating for a better genetic progress, but also limiting the disemination of hereditary diseases, and thus increasing the profitaability.
Objectives
Aplicación innovadora de un chip económico de media densidad (MD) para el PRE que permita simultáneamente el control de filiación, diagnóstico precoz de enfermedades de carácter hereditario (específicas de PRE) y cromosómicas, detección de marcadores moleculares relacionados con caracteres de importancia económica y desarrollo de la selección genómica, junto a una herramienta digital fácil de emplear, que integre la información genética y/o genómica de cada animal, centralizando la infromación para mejora y decidir cruzamientos para un mejor progreso genético, detección y control de enfermedades de carácter hereditario anticipándose a problemas futuros y pérdidas económicas.
Activities
Selection of a reference population (RP) for the PRE breed based on the genealogical and molecular (STR) data available. Genotyping of the RP using high density SNP-arrays. Select a set of reliable SNP´s able to perform parentage testing, genetic diseases and chromosomal abnormalities detection and prediction of reproductive and productive traits. Integrate those markers within a newly-desingned MD (Medium Density) SNP microarray able to perform populational analisys. This MD panel will also allow to develop and validate a a genomic-based breeding program (genomic selection) on the breed. Development of a digital tool on the ANCCE web and apps allowing the use of the genomic data by the breeders.
Activities
Selección de población de referencia para análisis genealógicos, moleculares (STR), antecedentes históricos y genotipado en HD. Seleccionar un panel de marcadores SNPs para la filiación con alta fiabilidad, marcadores genéticos asociados con las principales enfermedades genéticas equinas y otros caracteres de interés. Selección de un panel de marcadores SNPs para el diseño de un array barato de rutina MD económico a validar con los genotipos STR de la población de referencia, % de imputación de MD a HD correcta, e incremento de fiabilidad promedio en la población de referencia con la valoración genómica. Desarrollo de herramienta digital en web LG y APPS LG para ganaderos con información generada.
Project details
- Main funding source
- Rural development 2014-2020 for Operational Groups
- Rural Development Programme
- 2014ES06RDNP001 España - Programa Nacional de Desarrollo Rural
Emplacement
- Main geographical location
- Sevilla
- Other geographical location
- Madrid
€ 570505.34
Total budget
Total contributions from EAFRD, national co-financing, additional national financing and other financing.
Contacts
Project coordinator
-
REAL ASOCIACIÓN NACIONAL DE CRIADORES DE CABALLOS DE PURA RAZA ESPAÑOLA (ANCCE)
Project coordinator
Project partners
-
LIFE TECHNOLOGIES S.A.
Project partner
-
REAL FEDERACION ESPAÑOLA DE ASOCIACIONES DE GANADO SELECTO (RFEAGAS)
Project partner