Establecer vías de difusión de los resultados del proyecto para todos los destinatarios finales (ganaderos, criadores, asociaciones, investigadores, veterinarios, laboratorios, etc.). El resultado se ha llevado a cabo a través de diferentes vías. Por un lado se ha diseñado, elaborado y distribuido diferentes material de difusión del grupo operativo para su reparto en las diferentes ferias a las que han asistido los miembros del grupo operativo a divulgar el proyecto. Entre ellos están paraguas o bolsas entre otros. Por otro lado se han elaborado artículos científicos publicados en revistas de impacto para mostrar los resultados más relevantes del proyecto. Por último, se han asistido a diferentes jornadas, congresos y ferias para realizar comunicaciones orales exponiendo el proyecto y los principales resultados obtenidos para alcanzar a profesionales del sector de diferentes ámbitos. 

Comunicar la información relativa al grupo operativo y el proyecto al sector y público en general. El resultado ha sido la creación de una página web del proyecto, así como la divulgación de las noticias y resultados del proyecto por la propia página web del grupo, la de los miembros y por diferentes redes sociales para alcanzar a todo el público objetivo. 

Se ha diseñado y desarrollado una herramienta digital en web y APP del LG. Se ha realizado difusión de la herramienta digital en el sector equino español. Esta plataforma digital permite la utilización de la gran cantidad de información genómica generada por un panel de marcadores SNP de una forma rápida y sencilla de interpretar para el ganadero. Esta herramienta genera la información y la pone a disposición de los ganaderos de manera centralizada en una única ficha accesible al ganadero, con toda la información genética de su animal. Esto va a permitir una rápida y amplia adopción de estas modernas técnicas de cría, así como un progreso genético más elevado y más rápido y la detección más temprana de enfermedades de carácter hereditario que suponen un gasto económico considerable que se podría evitar. De esta forma los ganaderos se van a anticipar y van a evitar problemas futuros y pérdidas económicas y con el consiguiente beneficio económico de la explotación. Esta herramienta digital podrá ser posteriormente aplicada al sector equino de cualquier raza equina, repercutiendo todos estos datos en una mejora de la producción y selección equina, así como en una mejora económica para el ganadero y el sector, lo que aumentará y mejorará su comercialización, tanto a nivel nacional como internacional.

Se han puesto a punto de los modelos de valoración genómica para los diferentes criterios de selección del PRE y se han validado los modelos de valoración genómica. Se ha diseñado el protocolo validado de valoración genómica para los diferentes criterios de selección del PRE mediante metodología single-step BLUP (ssBLUP), según la adecuación del modelo para cada criterio de selección. Y se ha estimado el progreso genético de la raza PRE. Se han desarrollado los modelos definitivos para la valoración genética/genómica mediante metodología ssBLUP para 34 variables morfológicas y 20 defectos, 7 variables de Doma Clásica y 3 de eficiencia reproductiva.

La validación de los modelos de valoración genómica se realizó mediante el incremento de fiabilidad y la estimación del progreso genético estimado por el incremento de la fiabilidad y la disminución del periodo intergeneracional. En morfología, la fiabilidad aumentó entre 9,65% y 14,09%. Para los rasgos reproductivos, el aumento fue del 1,80% al 3,96% y en doma clásica la fiabilidad subió un 3,0%. En cuanto al progreso genético, se observó una mejora en las respuestas a la selección con incrementos entre 2,11% a 8,82% para los caracteres morfológicos. Para los rasgos reproductivos, el progreso fue del 1,61% a 5,88%, y en doma clásica, la respuesta aumentó un 2,96%.

Se ha elegido la población de referencia constituida por 4000 reproductores de máxima influencia genética sobre los caballos PRE, basados en su número de descendientes en control de rendimientos para la puesta a punto de la selección geniomica.

Esta población está formada por un 22% de machos y un 78% de hembras, con edades promedio de 7,9 y 22,9 años, respectivamente. El 50% de los animales tiene 23 años o menos y el 25% tiene entre 1 y 3 años. Provienen de 1.941 ganaderías, con un promedio de 2 animales por ganadería, aunque en 14 ganaderías se han seleccionado 20 o más individuos. 

La consanguinidad media es del 7,55% y el parentesco promedio es del 10,67%. Los machos tienen un promedio de 37,3 hijos y las hembras 10,8 hijos. En cuanto a los valores fenotípicos, 2.710 animales están en control de rendimientos morfológicos, 53 en control de doma clásica y 2.252 hembras en control de eficiencia reproductiva. En cuanto a la genética, 2.828 tienen valoración genética para conformación funcional, 1.603 para doma clásica y 2.760 para eficiencia reproductiva.

Se ha genotipado la población de referencia y se han procesado los genotipos para obtener un listado de marcadores analizados para filiación, el color de la capa, enfermedades monogénicas, así como las enfermedades de origen poligénico.

Finalmente se imputo a alta densidad, obteniendo resultados con una alta fiabilidad de los genotipos a partir de los genotipos del chip EQUIGENE.

Se ha diseñado y fabricado un chip (ARRAY) de media densidad (MD) y se ha validado en la raza PRE. Este chip económico para el PRE, llamado EQUIGENE, permite simultáneamente el control de filiación, el diagnóstico precoz de enfermedades de carácter hereditario (incluyendo aquellas particulares y específicas de la raza PRE, como puede ser el cuello de gato) y cromosómico, la detección de marcadores moleculares relacionados con caracteres de importancia económica y el desarrollo de la selección genómica en el PRE.

Para ello, se ha seleccionado un total de 1.240 marcadores genéticos basados en estudios científicos y bases de datos internacionales, enfocados en características económicas importantes para los caballos, como enfermedades genéticas, comportamiento, rendimiento deportivo y color de la capa. Se han incluido 26.017 marcadores para imputación a alta densidad y 15.705 para imputación a densidad media, con una eficiencia superior al 99%. Además, se eligieron 1.115 marcadores para el cromosoma Y equino (ECAY), distribuidos a lo largo de dicho cromosoma, y 1.000 marcadores mitocondriales, clave para estudios de herencia materna. Por otro lado, se incluyeron los 376 marcadores del panel recomendao por la ISAG para análisis de filiación. En total, se incluyeron 90.938 SNPs en el chip, abarcando una variedad de marcadores para distintos fines, incluidos 45.675 SNPs de relleno para asegurar una cobertura completa del genoma.

Se ha seleccionado un panel de marcadores SNPs que permite la imputación a alta densidad (HD) para su utilización en un chip de media densidad. Se incluyen 56.621 marcadores seleccionados para hacer la imputación a HD. Estos marcadores muestran baja dependencia entre ellos, es decir, un LD (desequilibrio de ligamiento) menor, haciéndolos útiles para este proceso de imputación a alta densidad. Estos marcadores son capaces de predecir entre 246.385 y 483.772 marcadores con distintos niveles de fiabilidad, mostrando la precisión del método. Incluso cuando se exigió una precisión muy alta (menos del 1% de error por marcador), se pudieron predecir entre 244.747 y 383.783 marcadores.

Se han seleccionado marcadores genéticos de enfermedades y de caracteres de interés económico en el PRE. Se han seleccionado 1.103 marcadores genéticos relacionados con características de herencia simple, como enfermedades genéticas, rendimiento deportivo y color de la capa. Además, se han seleccionado 167 marcadores relacionados con caracteres complejos como la fertilidad o enfermedades de origen poligénico (es decir, que dependen de varios genes), los cuales ya han sido estudiados tanto en caballos PRE como en otras razas. Por último, se han añadido 308 marcadores que permiten detectar alteraciones cromosómicas previamente observadas en el PRE, lo que añade una herramienta complementaria para el control de la salud genética de los animales. Todo esto se ha integrado en un chip (ARRAY) llamado EQUIGENE, de media densidad (MD) que facilita el uso de la genética en la cría del caballo PRE, así como herramienta de selección asistida por marcadores (MAS). Esto permitirá a los ganaderos tomar decisiones más precisas y tempranas al elegir sus reproductores, basándose en información genética concreta.

Se ha seleccionado un panel de marcadores SNP para realizar los controles de filiación, que presentan la máxima fiabilidad y con frecuencias genéticas ideales, lo que garantiza una mayor precisión al determinar la paternidad o maternidad de un animal. Es decir, se han seleccionado aquellos con el máximo contenido de información polimórfica (PIC) y la máxima probabilidad de exclusión (PE) en las pruebas de filiación. A pesar de aplicar criterios muy estrictos, se encontraron 3.131 marcadores adecuados, distribuidos en todos los cromosomas.

Se ha definido una población de referencia formada por 1.056 caballos de Pura Raza Española (667 machos y 389 hembras), seleccionados por su alta influencia genética y bajo nivel de parentesco, clave para mejorar la precisión de las valoraciones genéticas. Proceden de 710 ganaderías, con una edad media de 18 años los machos y 21 las hembras, una consanguinidad media del 6,74% y una coascendencia promedio del 4,55%. Los sementales tienen en promedio 58 crías y las hembras 10, sumando 41.366 descendientes repartidos en más de 11.000 ganaderías. De estos, 14.495 están en control de rendimiento morfofuncional, 769 en doma clásica, 15.617 valorados genéticamente para aptitud morfológica para doma y 1.053 para la disciplina de doma clásica. Además, 783 animales de la población de referencia tienen control propio de rendimiento morfofuncional y 79 en doma, lo que refuerza su valor como base para la mejora genética.

El perfil genómico de esta población se obtuvo mediante el array Axiom Equine Genotyping 670K, generando 623.516 variantes útiles, distribuidas de forma homogénea en los 33 pares de cromosomas. De estas, 188.851 son altamente informativas, aportando un mayor grado de información genómica y por tanto capturando con gran precisión la variabilidad genómica de la raza.