project - EIP-AGRI Operational Group
Agricorder TM DNA field test for bacterial diseases in potatoes
Agricorder TM DNA veldtest voor bacterieziekten in aardappelen
Objectives
The development of a DNA test that can quickly and easily determine (latent) bacterial infections in seed potatoes, both in the field and in the harvested product. This makes the test an important management instrument in the control of bacterial diseases in seed potatoes and particularly interesting for seed potato growers of high-quality seed potatoes because they can make the right choices in the production process early on.
Objectives
Het ontwikkelen van een DNA test waarmee snel en gemakkelijk (latente) bacteriebesmettingen in pootaardappelen kunnen worden vastgesteld, zowel in het veld als in het geoogste product. Dit maakt de test tot een belangrijk managementinstrumentinstrument in de beheersing van bacterieziekten in pootgoed en vooral interessant voor pootgoedtelers van kwalitatief hoogwaardig pootgoed omdat men al vroeg juiste keuzes kan maken in het productieproces.
Activities
In this bacterial control project, a test was developed for bacterial contaminations in potato seed potatoes and subsequently tested in the field at two growers in North Friesland, co-applicants in this project. The test can easily be carried out on the farmyard and in addition to the PCR testing carried out by NAK and the seed merchants' houses. This provides a quick insight into the contamination situation of the different batches of seed potatoes on the farm.
Activities
In het bacterieproject werd een test ontwikkeld voor bacteriële besmettingen in aardappelpootgoed en vervolgens in het veld getest bij twee telers in Noord-Friesland, mede-aanvragers in dit project. De test is eenvoudig op het boerenerf uit te voeren en aanvullend op PCR toetsing die door NAK en de pootgoedhandelshuizen wordt uitgevoerd. Deze geeft snel inzicht in de besmettingssituatie van de verschillende partijen pootgoed op het bedrijf.
Context
De preventie van latente besmettingen met bacteriën is erg belangrijk in de pootgoedteelt en daarmee ook in de consumptieteelt. Gezond pootgoed levert immers de basis voor een optimale opbrengst voor consumptietelers.
Additional comments
De test is in 2014-2015 ontwikkeld en in 2016 getest voor Alternaria spp. in aardappelen. Hiermee werd aangetoond dat het principe werkt.
Project details
- Main funding source
- Rural development 2014-2020 for Operational Groups
- Rural Development Programme
- 2014NL06RDNP001 Plattelandsontwikkelingsprogramma voor Nederland 2014-2020 (POP3)
Location
- Main geographical location
- Noord-Friesland
€ 200857
Total budget
Total contributions from EAFRD, national co-financing, additional national financing and other financing.
1 Practice Abstracts
End result
The project got off to a good start in a kick-off meeting with all project partners. During the project, we had regular consultations with the growers about the progress and demonstrated the 'Agricorder'. During the feasibility study, various problems emerged. It turned out to be not easy to obtain good DNA sequences from all relevant bacteria, necessary to be able to develop the test. The low bacterial concentration of latently infected plants also appears to be a problem for a reliable result. We have carried out various field tests, the results of which can also be found in the appendix 'Sample results'. In the end, unfortunately, it was not possible to develop a reliable test for the important bacterial diseases. Unfortunately, the ultimate goal of the project has not been achieved. Because there is also no business case for EximiusLab, the company has had to decide to discontinue its activities. Also because the same had to be concluded for the head rot test in onions. A reliable test is only available for the disease Alternaria in potatoes, but this is far too narrow a basis for success.
The activities performed are described in detail in the appendix 'Technical final report'
Website https://delphy.nl/research/agricorder-dna-veldtest-bacterieplanten-poot…
Eindresultaat
Het project is voortvarend van start gegaan in een startbijeenkomst met alle projectpartners. We hebben gedurende het project regelmatig overleg gehad met de telers over de voortgang en de ‘Agricorder’ gedemonstreerd. Tijdens de haalbaarheidsstudie zijn diverse problemen boven tafel gekomen, het bleek niet eenvoudig om van alle relevante bacteriën goede DNA sequenties te krijgen, nodig om de test te kunnen ontwikkelen. Ook lijkt de lage bacterieconcentratie van latent besmette planten een probleem voor een betrouwbare uitslag. We hebben diverse veldtesten uitgevoerd, de resultaten hiervan zijn ook te vinden in de bijlage ‘Monsteruitslagen’. Uiteindelijk is het helaas niet gelukt om een betrouwbare test te ontwikkelen voor de belangrijke bacterieziekten. Daarmee is het uiteindelijke doel van het project helaas niet gerealiseerd. Omdat er hiermee ook geen businesscase voor EximiusLab is heeft het bedrijf moeten besluiten haar activiteiten te staken. Mede ook omdat hetzelfde moest worden geconcludeerd voor de koprottest in uien. Alleen voor de ziekte Alternaria in aardappelen is er een betrouwbare test beschikbaar, maar dit is een veel te smalle basis voor succes.
De uitgevoerde activiteiten zijn uitgebreid beschreven in de bijlage ‘Technisch eindrapport’
Website
https://delphy.nl/research/agricorder-dna-veldtest-bacterieziekten-poot…
Contacts
Project coordinator
-
Harm Brinks / Delphy
Project coordinator
Project partners
-
Stichting ter Bevordering van Agrarische Bedrijfs & Geb. Ontwikkeling
Project partner