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CLARINNOV
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Ongoing | 2018 - 2021 France
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Objectives

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) is the causal agent of bacterial canker of tomato. This disease results in plant wilting and production losses. The only effective mean to control this disease is prophylaxis. The detection of the pathogen is possible in the field only after the appearance of plant wilting symptoms. An early and reliable diagnosis would improve the mangement of this pathogen. The aim of the project is to develop a biotech tool for in-field detection of Cmm.    

Objectives

Elaborer et transferer au terrain un outil biotechnologique innovant, à partir de la combinaison de techniques moléculaires existantes, afin de permettre la détection simple et rapide de Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, et de limiter ainsi les conséquences technico-économiques négatives de ce bioagresseur

Activities

The first step of the project is the development in laboratory of a new tool of detection of Cmm through the combination of pre-existing molecular techniques based on isothermal DNA amplification. Then the tool will be transfered to in-field conditions to detect Cmm on plants and on other substrates. Finally the detection tool will be used to assess the efficiency of decontamination methods and biocontrol products.

Activities

Le projet se découpe en différentes phases: - Elaboration en laboratoire d'un nouvel outil de détection de Cmm via la combinaison de techniques moléculaires récentes utilisant l'amplification isothermique de l'ADN  - Transfert de l'outil au terrain : élaboration de la méthode d'analyse en conditions de production pour la détection de Cmm sur plantes, mais aussi pour la détection de l'inoculum primaire sur des susbtrats variés - Recherche de solutions de biocontrôle et évaluation de l'efficacité des méthodes de décontamination

Contexte

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) est l'agent responsable du chancre bactérien de la tomate. Les épidémies dues à cette bactérie, imprévisibles et sporadiques, entraînent des dépérissements de plantes et des pertes de production. Il n'existe pas de moyen de protection contre Cmm,en culture et seules des mesures de prophylaxie, très contraignantes, permettent de contenir partiellement les foyers déclarés. La détection de Cmm ne se fait qu'à l'apparition des symptômes de flétrissements qui marquent un stade déjà avancé de contamination. Un diagnostic précoce et fiable permettrait d'orienter rapidement le producteur vers la mise en oeuvre des méthodes de prophylaxie.

Project details
Main funding source
Rural development 2014-2020 for Operational Groups
Rural Development Programme
2014FR06RDRP093 France - Rural Development Programme (Regional) - Provence-Alpes-Côte d'Azur
Emplacement
Main geographical location
Bouches-du-Rhône
Other geographical location
Vaucluse

€ 318000

Total budget

Total contributions from EAFRD, national co-financing, additional national financing and other financing.

Ressources

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1 Practice Abstracts

Les résultats attendus de ce projet sont la mise au point et l'optimisation d'un outil de détection de Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis qui soit simple, rapide et adapté aux conditions de terrain. Cet outil devrait permettre de renforcer l'efficacité des stratégies de protection intégrée en cultures de tomates par l'identification et la réduction des sources d'inoculum primaire, la détection et l'élimination précoce des foyers d'infection et l'identification de méthodes de prévention et de biocontrôle efficaces. La mise en place de mesures prophylactiques, suite à une détection précoce, permettra de limiter les pertes de rendement dues à la maladie du chancre bactérien, de limiter les investissements de décontamination et donc de renforcer la performance économique des systèmes de production de tomate.

Les résultats attendus de ce projet sont la mise au point et l'optimisation d'un outil de détection de Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis qui soit simple, rapide et adapté aux conditions de terrain. Cet outil devrait permettre de renforcer l'efficacité des stratégies de protection intégrée en cultures de tomates par l'identification et la réduction des sources d'inoculum primaire, la détection et l'élimination précoce des foyers d'infection et l'identification de méthodes de prévention et de biocontrôle efficaces. La mise en place de mesures prophylactiques, suite à une détection précoce, permettra de limiter les pertes de rendement dues à la maladie du chancre bactérien, de limiter les investissements de décontamination et donc de renforcer la performance économique des systèmes de production de tomate.

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Contacts

Project coordinator

  • Aurelie Rousselin

    Project coordinator

Project partners

  • Caroline Guilbaud

    Project partner

  • Christelle Lacroix

    Project partner

  • Cindy Morris

    Project partner

  • Sabrina Dellarosa

    Project partner

  • Céline Tardy

    Project partner